El Secretariado de Pastoral Universitaria es el organismo diocesano encargado de la atención personal y comunitaria de los miembros de la comunidad universitaria en orden a una formación cristiana integral. Estará presidido por el Director e integrado por estudiantes y algunos profesores universitarios. Es parte de la Delegación de Pastoral Vocacional, Juvenil y Universitaria.
 
 Sus tareas principales son: 
 
·  Conocer la realidad del ámbito universitario en la Diócesis , en sus necesidades, posibilidades y retos pastorales. 
· Promover la atención personal y comunitaria a los miembros de la comunidad universitaria. 
·  Programar y organizar las actividades pastorales en el campus universitario. 
·  Promover el diálogo entre la fe y la cultura en el ámbito universitario. 
·  Cuidar las relaciones institucionales entre la Universidad y la Diócesis.  
·  Proveer la oferta de asignaturas opcionales de contenido teológico, deontológico o moral. 
· Participar en organismos regionales y nacionales de Pastoral Universitaria.